نسبت به فداییان اسلام، چون آیت الله بروجردی، روی خوشی به این جمعیت نشان نمیداد و فعالیتهای آن گروه را به مصلحت حوزه آن زمان نمیدید، از این روی، امام هم، موضع گیری له یا علیه نمیکرد.